De una familia pagana, Alejandro recibió una esmerada educación cultural. Se convirtió al cristianismo después de haber entrado en contacto con varios movimientos religiosos y filosóficos de la época. De Capadocia se trasladó a Alejandría, Egipto, donde florecía la escuela Didaskaleion, dirigida por Panteno el Siculo y luego por Clemente alejandrino. Llegó a Jerusalén en 212 como coadjutor del obispo, al que sucedió.
El "caso" Orígenes
Alejandro gobierna en Jerusalén como un pastor atento sobre todo a las necesidades culturales de sus ovejas: en la Ciudad Santa fundó una biblioteca y una escuela siguiendo el modelo de Alejandría. Durante su episcopado tuvo que ocuparse de la discusión entre el teólogo Orígenes -a quien conocía desde los tiempos de Alejandría- y sus superiores. En efecto, Orígenes había recibido del obispo de Alejandría la tarea de dirigir una escuela de catecismo, pero el teólogo también comenzó a enseñar las ciencias profanas, sobre todo la filosofía, convencido de que es precisamente la enseñanza de la religión la que necesita una mayor profundización cultural.
Aunque Orígenes era laico, predicaba en las iglesias y esto causó mucho malestar a su obispo que le prohibió explicar las Escrituras públicamente, excepto en presencia de un pastor. En cambio, Alejandro, impresionado por la profundidad del pensamiento del teólogo, lo defendió y lo ordenó sacerdote en el año 230 para que pudiera continuar sin dificultad su predicación tan valiosa, que se difundió desde Cesarea hasta la ciudad misma de Jerusalén.
Persecución y martirio
Mientras tanto, en la Roma de Septimio Severo entre 202 y 203 se reanuda la persecución a los cristianos. Alejandro se hallaba todavía en Alejandría y permanece encarcelado hasta el año 211. Con la segunda ola de persecuciones de Decio, ya no tuvo escapatoria: esta vez fue encarcelado en Cesarea donde sufrió muchas torturas. "La gloria de sus cabellos blancos y su gran santidad formaron una doble corona a su cautiverio", escribieron los historiadores sobre él. Exhausto por los sufrimientos, murió en prisión en 250 y fue venerado como mártir de la fe. De sus numerosos escritos, sólo quedan los fragmentos de cuatro cartas que nos han llegado gracias a Eusebio y a San Jerónimo.